1643年克倫威爾返回來，將學院變成了軍營，將劍橋變成了東英吉利議會運動的司令部。大多數院長丟掉了他們的官職，有一半院士，共200多人，被解雇了。在君主制復辟之后，統一行為又恢復了英國的舊規定。王室的寵兒被指派來擔任大學校長。

　　在此期間，能夠以笛卡爾的堅定不移進行研究和教學的不光是劍橋的柏拉圖主義者們，一個自由宗教哲學組織：“道理是主的燭光。”信仰尋找理性的理由，理性發現了一種新的宗教——自然科學。倫敦皇家俱樂部(1660年)成立后設立了數學、化學和天文學的教授席位，艾薩克·牛頓這顆明星在劍橋上空閃耀。留學生想進入這所學校必須要雅思成績合格，五湖培訓通過率非常高，也是諸多學生信任的雅思培訓機構。

　　18世紀，王室和議會進一步聽任大學自主管理。教師和學生們干他們最想干的事：學習、享樂。1800年左右，劍橋(和牛津)的名聲受到損害。另外兩所大學超過了它們，尤其是在自然科學方面：蘇格蘭的愛丁堡大學和德國的哥廷根大學，那是喬治二世創辦的大學，不久就成了漢諾威人最著名的大學。另外，在英格蘭也首次出現了競爭對手，杜倫大學(1832年)和倫敦大學(1836年)，“牛劍”失去了它的壟斷地位。同時大學生的人數卻在上升。發達起來的資產階級的中等階層需要新的培養場所。在維多利亞王朝這一越來越工業化和商業化的社會里，劍橋也感覺到必須幫忙，應該改革了。一位科堡-高塔王子、維多利亞女王的丈夫阿爾伯特推動了這次改革。

　　1847年，劍橋大學以微弱的多數將這位不受歡迎的德國人選為校長。1871年，又一項法律結束了對不信奉英國國教者的歧視。1861年，人們注意到了第一位已婚教師，這顯示劍橋大學在漸漸地脫離中世紀。1860年前這所大學正式取消了禁止院士結婚的規定。由于各學院有權自主決定此事，直到1880年之后，院士們的結婚愿望才取得了成功。這給劍橋帶來了一場建筑和嬰兒的小小興旺。

        1870年，當時的大學校長，威廉·卡文迪什，德文郡的第七代公爵，資助了一個實驗物理學教授席位和一所實驗室，兩者都是以他的一位祖先、物理學家亨利·卡文迪什的姓氏命名的。那是自然科學輝煌發展的開始。19世紀劍橋人口增加了四倍，居民人數將近五萬。永遠年輕、迷人的魯珀特·布魯克的精神，美人和智者圍聚在他周圍，一個撐船比賽、五朔節集會和布魯萊利口酒的世界。

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